アルファチャンネルを持っている画像が透明にならない場合、ご利用のパソコンの描画性能が足りなかったり、デバイスドライバーが古い可能性が予想されます。

最新版のビデオチップドライバーの更新を行ってください。
デバイスドライバーの更新を行われても正常に表示されない場合は、ビデオカードの性能が足りない可能性がございます。
SpriteStudioでは OpenGL Version 2.1以上で動作しますので、対応環境への更新をご検討ください。