透過色を指定して、その部分が透明、その他の部分を不透明になるようにアルファチャンネルを新設するには、メインメニューから[アルファ]-[アルファチャンネル新設]を選んでから、[指定RGB値を透明、その他を不透明]を選びます。
透過色は、イメージの中の一つの色の領域を「透明」として扱う機能です。一般的には透明色・抜き色などとも呼ばれます。
透過色は、以下のようなときに使用されます。
イメージ表示部
ダイアログ内にイメージが表示され、マウスカーソルの形状が
となります。イメージをクリックすると、クリックされたピクセルの色（ダイレクトカラーイメージのときはカラー値、インデックスカラーイメージのときはインデックス値）をもった領域が点滅し、透過色となることを示します。
スクロールバーによるスクロール、[ズームイン]・[ズームアウト]ボタンによる拡大・縮小表示が可能です。
選択色
透過色として選んだ色のカラー値・インデックス値が表示されています。
Index 0
インデックスカラーイメージのパレットエントリ0を透過色とします。
左上
イメージの左上端（座標(0,0)）のピクセルの色を透過色とします。
範囲拡大
指定した透過色に「近い」色も透過色領域に含めたいときに、その許容範囲を指定します。
透過色とは
透過色をサポートしている表示システムでは、数枚のイメージをアニメのセル画のように重ね表示させて、１枚のイメージとすることができます。ある特定の色を「透明」とみなすことで、その部分は背面のイメージを透過表示させることができるようになっています。
イメージを構成する色のうち、「透明」とみなす色を「透過色」とよびます。この色はイメージ内で使用されることのない色、たとえば(RGB=255,0,255)のような極端なRGBカラー、もしくは黒(RGB=0,0,0)を用います。黒(RGB=0,0,0)を透過色に使うときは、透過色でない黒は(RGB=0,0,8)等を使用するのが一般的です。