レイアウトウィンドウでパーツを拡大/縮小した際に、別のキーまで同様の形で拡大/縮小されてしまう場合、「Xスケール」「Yスケール」のアトリビュートの初期状態に情報が入っていないため、すべてのキーに変更が影響している可能性があります。
パーツの編集を行う前に、0フレーム目の「Xスケール」「Yスケール」に「1」の値を設定してください。
その際、「Xスケール」「Yスケール」のアトリビュート項目が(無効状態)になっている場合、(有効状態)にしてください。
よく「X・Yスケール」を利用される場合、プロジェクトの設定ウィンドウから「その他」を選択し、「パーツ単位のキー作成時に設定されるアトリビュート」のリストから「Xスケール」「Yスケール」にチェックを入れてください。
チェックをいれることで、キーを新たに作成した際に「Xスケール」「Yスケール」のアトリビュートが設定されるようになります。