適切なroot位置を設定したい

rootパーツの位置がアニメーションデータの中心となります。
基本的にはX座標0、Y座標0で設定し、そこをレイアウトの中心となるように構築するとよいでしょう。
rootパーツはアトリビュート情報を設定しないことが望ましいです。

地面が関係ないアニメーションの場合

飛行機や鳥など空中を飛ぶ物、魔法のエフェクトなど、地面が関係ないアニメーションの場合、物体の中心を、X座標0、Y座標0とします。
X座標0Y座標0を中心に、当たり判定の制御を行います。

地面に立つ・地面から発生するアニメーションの場合

歩く・走る等の地面が関係するアニメーションを作成する際は、rootパーツを地面の基準点とする場合があります。
rootパーツで地面との接触判定を行う場合は、接地する位置にrootパーツを配置し、そこを基準としてレイアウト・アニメーションの作成を行ってください。

基準点を地面としてレイアウトを行う場合、レイアウト情報ウィンドウにある基準点の位置を下に設定すると基準枠内でレイアウトが行いやすくなります。お試しください。

rootパーツの運用はアプリケーションの仕様により異なります。
担当のプログラマーの方に確認・相談の上、運用してください。

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